东汉建安二十四年（219）称思平县。唐至德二年（757年）改齐安县为恩平县。县南有恩平江，故名。曾数度并置。1961年复置恩平县。
1994年2月28日，民政部批复（民行批[1994]33号）撤销恩平县，设立恩平市。
1996年，恩平市面积1698平方千米，人口44.3万人。辖15个镇：恩城镇、君堂镇、那吉镇、朗底镇、横陂镇、大槐镇、沙湖镇、圣堂镇、江洲镇、东成镇、洪滘镇、良西镇、大田镇、恩侨镇、牛江镇。市政府驻恩城镇。
2000年第五次人口普查，恩平市总人口464898人，其中：横陂镇24879人，圣堂镇27500人，良西镇21120人，沙湖镇61641人，牛江镇24502人，君堂镇36508人，大田镇17854人，那吉镇16622人，大槐镇14965人，东成镇15679人，恩城镇99659人，洪滘镇11065人，朗底镇9039人，江洲镇13432人，恩侨镇5062人，江南虚拟镇18191人，平石虚拟镇30852人，东安虚拟镇16328人。
2001年11月至翌年1月，恩平市实行机构改革：撤销朗底镇、江洲镇、洪滘镇、恩侨镇，其行政区域分别并入大田镇、君堂镇、横陂镇、大槐镇；撤销恩城镇，设立恩城、平石、江南、东安4个街道。下属的“管理区”改为“村（居）民委员会”。调整后，恩平市辖恩城、平石、江南、东安4个街道和良西、牛江、圣堂、沙湖、东成、君堂、横陂、大槐、那吉、大田10个镇。
2004年4月，撤销江南街道，并入恩城街道。调整后，恩平市辖恩城、平石、东安3个街道和良西、牛江、圣堂、沙湖、东成、君堂、横陂、大槐、那吉、大田10个镇。
2006年，撤销东安街道，将其行政区划分别并入恩城街道和东成镇（东安圩镇居委会并入恩城街道，其余并入东成镇）。2008年2月，撤销平石街道，并入恩城街道。
2009年末，恩平市面积1697平方千米，辖1个街道、10个镇，23个居委会、151个行政村。市政府驻恩城街道解放路。