明嘉靖四十二年（1563）置澄海县，清康熙三年（1664）撤销，康熙八年（1668）复置县，咸丰十一年（1861）析澄海县、鮀浦司之“沙汕头”，称汕头埠。1921年由澄海县析汕头埠及崎碌成立汕头市政厅。1936年属广东省第五行政督察专员公署。
1959年撤县，县地并入汕头市郊；同年再复置澄海县。1994年4月18日，民政部批复（民行批[1994]56号）撤销澄海县，设立澄海市。市政府驻澄城镇。
2000年，澄海市辖3个街道、12个镇：凤翔街道、澄华街道、广益街道、莲下镇、莲上镇、溪南镇、东里镇、隆都镇、盐鸿镇、莲华镇、外砂镇、新溪镇、湾头镇、坝头镇、上华镇。
2000年第五次人口普查，澄海市常住总人口860003人，其中：风翔街道83325人，广益街道44148人，澄华街道71656人，上华镇31188人，湾头镇34341人，莲下镇72431人，莲上镇54144人，溪南镇64100人，东里镇76721人，盐鸿镇43222人，莲华镇24807人，隆都镇74431人，坝头镇46923人，外砂镇78776人，新溪镇59790人。
2002年1月？，省政府批准同意撤销澄海市坝头镇和湾头镇建制，将其管辖的行政区域分别并入凤翔街道和莲下镇。新成立的凤翔街道面积41.46平方千米、人口13.03万人，新成立的湾头镇面积56.09平方千米、人口10.675万人。
2003年1月29日，国务院批准（国函[2003]11号）：撤销县级澄海市，设立汕头市澄海区。以原县级澄海市的行政区域（不含外砂镇、新溪镇）为澄海区的行政区域。区人民政府驻文冠路（原澄海市人民政府驻地）；将原澄海市的外砂、新溪2个镇划归龙湖区管辖。
2003年，澄海区辖凤翔、澄华、广益3个街道和莲下、莲上、莲华、东里、溪南、盐鸿、上华、隆都8个镇，共有43个居委会、137个村委会。总户数174483户、总人口706239人：凤翔街道35030户、136863人；澄华街道13061户、53356人；广益街道9137户、39921人；东里镇19677户、75379人；莲上镇12926户、53067人；莲下镇25009户、104953人；莲华镇6434户、26021人；上华镇7742户、33804人；隆都镇18720户、74391人；盐鸿镇10488户、4350l人；溪南镇16225户、64805人；区直辖单位34户、178人。
2008年末，澄海区面积367.4平方千米，户籍总人口725613人。2009年末，澄海区辖3个街道、8个镇，45个居委会、131个行政村。区政府驻澄华街道文冠路。
2010年第六次人口普查，澄海区常住总人口800399人，其中：凤翔街道146928人，广益街道61528人，澄华街道97392人，上华镇35570人，隆都镇72421人，莲下镇117893人，莲上镇55483人，溪南镇64363人，东里镇80521人，盐鸿镇43379人，莲华镇24921人。
2012年末，澄海区面积345.23平方千米。户籍人口75.33万人，常住人口80.72万人。辖3个街道、8个镇和1个经济开发试验区。
2014年，东里镇、莲下镇被列为全国重点镇。