2000年第五次人口普查，莆田市常住总人口2717923人。其中：城厢区230816人，涵江区213110人，莆田县1428558人，仙游县855439人。莆田县各乡镇人口为：西天尾镇46331人，梧塘镇42176人，江口镇92244人，黄石镇138889人，新度镇81624人，华亭镇94243人，常太镇30744人，萩芦镇24533人，白沙镇16943人，庄边镇23264人，新县镇17647人，北高镇74329人，东峤镇95866人，埭头镇112739人，平海镇77334人，南日镇50724人，笏石镇103758人，秀屿镇53061人，灵川镇49329人，东海镇37941人，忠门镇20523人，东埔镇26524人，湄洲镇32042人，大洋乡13135人，山亭乡34970人，月塘乡34885人，赤港华侨开发区2760人。
2002年2月1日，国务院批准同意撤销莆田县，设立莆田市荔城区和秀屿区，同时调整莆田市市辖区行政区划：（1）撤销莆田县。将原莆田县的常太、华亭、灵川、东海4个镇划归莆田市城厢区管辖，原莆田县的江口、梧塘、秋芦、白沙、新县、庄边6个镇和大洋乡划归莆田市涵江区管辖。（2）设立莆田市荔城区。将城厢区荔城街道的文献、凤山、长寿、英龙、梅峰5个居委会，城南乡的镇海、阔口、新镇、步云、埭里、古山6个村，城郊乡的长丰、七步、新浦、南郊、华郊、荔浦、徒门、张镇、西洙、东阳、拱辰、畅林12个村，以及原莆田县的西天尾、新度、黄石、北高4个镇划归荔城区管辖。区政府驻县巷。（3）设立莆田市秀屿区。将原莆田县的笏石、东庄、忠门、东浦、湄洲、东桥、埭头、平海、南日9个镇和山亭、月塘2个乡划归秀屿区管辖，区政府驻笏石镇。
2002年，莆田市行政区划调整具体如下：（一）撤销莆田县建制。把原莆田县属的大型企业和事关莆田市人民生活、生产必需的水、电资源收归莆田市管理；把原莆田县分布在城厢、涵江两区的工商企业按属地管理的原则，划归城厢、涵江、荔城三区管理，人，财、物、债权、债务一并移交。（二）扩大涵江区的行政区域范围。将原莆田县的江口、梧塘、萩芦、白沙、新县、庄边6个镇和大洋乡划归涵江区管辖。涵江区共辖2个街道，9个镇1个乡，20个居委会，179个行政村，面积752平方千米，人口41.05万人。（三）调整城厢区行政区域范围，设立荔城区。城厢区的行政区域以新街口为中心，北以胜利北街至东圳路交汇点，向东北沿东圳路、学园中街交汇点为界；南以胜利南街至市汽车运输总公司沿古城路，东至天妃路、城港北大道为界。东部为荔城区，西部为城厢区。 荔城区：将原城厢区荔城街道的文献、凤山、长寿、英龙、梅峰5个居委会城南乡的镇海、阔口、新溪、步云、埭里、古山6个村，城郊乡的长丰、七步、濠浦、南郊、莘郊、荔浦、陡门、张镇、西洙、拱辰、畅林12个村，以及原莆田县的西天尾、新度、黄石、北高4个镇划归荔城区管辖。共辖2个街道，4个镇，12个居委会，118个行政村，人口47.73万人，面积268平方千米。荔城区政府驻县巷。 城厢区：将凤凰山、荔城街道的梅山、太平2个居委会，城郊乡的龙桥、泗华、延寿、洋西4个村，城南乡的顶墩、下黄、肖厝、沟头、棠坡、坂头、霞林、木兰、铁岭、林桥、朱坑、白洋、屿上13个村和原莆田县的常太、华亭、灵川、东海4个镇划归城厢区管辖。共辖3个街道，4个镇，16个居委会，102个行政村，人口31.9830万人，面积484平方千米。城厢区政府驻地不变。 （四）设立秀屿区。将原莆田县的笏石、东庄、忠门、东埔、湄洲、东峰、埭头、平海、南日9个镇和山亭、月塘2个乡划归秀屿区管辖。共辖9个镇2个乡，10个居委会，186个行政村，人口78.23万人，面积506平方千米。秀屿区政府驻笏石镇。
2003年末，莆田市总面积4060.4平方千米，户籍人口301.84万人，其中非农业人口57.40万人。全市辖4区1县，8街道38镇8乡。其中4个市辖区面积2218.3平方千米，户籍人口201.63万人，其中非农业人口38.80万人。
2002年9月18日，福建省政府《关于莆田市仙游县调整部分行政区划的批复》，同意撤销凤山乡，并入西苑乡，乡政府驻西苑村；调整县城区行政区域，撤销鲤城镇，设立鲤城街道办事处，街道办事处驻洪桥居委会（原鲤城镇政府驻地）；调整城东镇行政区划，并更名为鲤南镇，城东镇政府地从东门村迁移到仙安村；郊尾镇的芹林、盖南和新窑3个行政村划归盖尾镇管辖。
2010年第六次人口普查，莆田市常住总人口2778508人，其中：城厢区413853人，涵江区470097人，荔城区499110人，秀屿区570741人，仙游县824707人。