汉建安元年（196年）置侯官县，属会稽郡南部都尉。晋太康三年（282年）侯官析置原丰、温麻县，三县同属晋安郡。南朝梁天监中年间（502－519年）侯官、原丰合并为东侯官。隋开皇九年（589年）复名原丰。十二年（592年）改名闽县，属建安郡。唐武德六年（623年）闽县析置侯官、长溪、新宁（长乐）、温麻（连江）县。贞观五年（631年）侯官又并入闽县。武周长安二年（702年）复置侯官县。
永泰二年（766年）划侯官西部地置永泰县。贞元元年（785年）划北部地置梅溪场（后为闽清县）。元和三年（808年）侯官并入福唐县，元和五年（810年）复置侯官县，闽县和侯官县同属福州。五代晋天福六年（941年）改闽县为长乐县，翌年又恢复原名，时属长乐府。宋太平兴国六年（981年）闽县析置怀安县，侯官、闽县、怀安三县同属福州。元属福州路。明万历八年（1580年）怀安县并入侯官县，自此闽县、侯官两县并立，同属福州府。
民国元年（1912年）府废；翌年两县合并，各取首字定名为闽侯县，属东路道（闽海道）。民国31年（1942年），析县治部分区域设福州市政筹备处，从此县市分治。1944年改名林森县。1950年复名闽侯县，属闽侯专区。1956年3月直属省辖，8月改属福州市（或说，1958年属福州市）。1959年复属闽侯专区。1971年划属莆田地区（闽侯专区改称莆田地区）。1973年归福州市。
县治先后设于福州西涧、义序、尚干、螺洲，1970年县政府驻地由螺洲镇迁至甘蔗镇。
闽侯原闽县部分宋时分为12都，元、明两代分为凤池西、凤池东、晋安东、晋安西、高盖南、高盖北、崇善东、崇善西、开化东、开化西、赞贤、安仁12都，清代仍沿其旧；侯官县部分宋、元、明、清均为桂枝、东孝悌、西孝悌、胜业、修仁、永安、东太平、西太平、石门、五芝10乡；怀安县部分宋时分为感应、崇业、灵山、八座、承平、移风、积德、侯官、同乐东、同乐西10乡，元代仍沿其旧。民国24年并为鼓山、南港、凤山、大湖4区。民国34年区署撤销，辖27个乡（镇）。
1949年划为开闽、马江、闽亭、扈屿、尚干、南港、南屿、侯官8镇和松鼓、双岳、平远、西豹、净屏、金山、凤冈、小南、穆源、桐口、九凤、关源、甘蔗、白沙、洋箬、大湖、双大、双湖、义序、螺洲、四维、城门、永胪、嘉登、凤港、江滨、竹岐、东汶、大北、小北、江南、江北33乡。1955年4月，义序、吴山、盘屿、阳岐4乡划归福州市。1956年划为城门、马尾、南屿、白沙、尚干、雪峰、石牌7个区。
1958年全县划为18个公社。1960年，马尾公社划归福州市。1961年亭江、琅岐、北峰、建新4个公社划归福州市。1970年城门公社划归福州市。1983年全县划为14个公社、1个镇。1984年实行政社分开，各公社分别改为乡（镇），全县共设4个镇11个乡。后陆续将5个乡改镇。
1996年，省民政厅批复同意洋里乡划出小箬、大仑、西村、湖柄、中平、尚格、福田、尚锦8个村设立小箬乡。1996年，省民政厅批复同意荆溪镇的昙石、洽浦、南山、流洋4个村划归甘蔗镇管辖。2000年，闽江乡划出公婆、胜利、建星、闽亭、建亭5村归马尾区。
2000年第五次人口普查，闽侯县常住总人口580048人，其中：甘蔗镇47798人，白沙镇32106人，南屿镇50045人，尚干镇17909人，祥谦镇52834人，青口镇68873人，南通镇42319人，上街镇62393人，荆溪镇47494人，竹岐乡27600人，鸿尾乡31696人，洋里乡25943人，大湖乡29102人，廷坪乡28661人，闽江乡3893人，小箬乡8560人，江洋农场2822人。
2003年末，闽侯县户籍人口60.78万人，其中非农业人口6.41万人。辖9个镇、7个乡：甘蔗镇、白沙镇、南屿镇、尚干镇、祥谦镇、青口镇、南通镇、上街镇、荆溪镇、竹岐乡、鸿尾乡、洋里乡、大湖乡、廷坪乡、闽江乡、小箬乡。2004年，全县总人口61.5万人，辖9镇7乡，323个村（居）。
2005年2月5日，省政府（闽政文[2005]36号）批复同意撤销闽江乡，现有闽江乡并入祥谦镇。合并后的祥谦镇辖泮洋、兰圃、枕峰、凤港、琯前、双龙、洋下、岐尾、澜澄、山后、辅翼、卜洲、三溪口、门口、萧家道、禄家、中院、江中、峡南、新建20个行政村，镇政府驻地不变。2005年9月27日，省政府（闽政文[2005]456号）批复同意撤销甘蔗镇，设立甘蔗街道，原甘蔗镇的行政区域为甘蔗街道办事处的行政区域，甘蔗街道办事处驻原甘蔗镇政府所在地五福村。
2005年末，闽侯县辖1个街道、8个镇、6个乡：甘蔗街道、白沙镇、南屿镇、尚干镇、祥谦镇、青口镇、南通镇、上街镇、荆溪镇、竹岐乡、鸿尾乡、洋里乡、大湖乡、廷坪乡、小箬乡。
2010年第六次人口普查，闽侯县常住总人口662118人，其中：甘蔗街道50974人，白沙镇31811人，南屿镇60707人，尚干镇20177人，祥谦镇52556人，青口镇81488人，南通镇36867人，上街镇165860人，荆溪镇56872人，竹岐乡25564人，鸿尾乡29757人，洋里乡13743人，大湖乡14824人，廷坪乡13393人，小箬乡5680人，江洋农场1845人。