东汉为侯官县地，三国为东安县地。晋太康三年（282）置同安县，属南安郡，后并入南安县。唐贞元十九年（803）析南安县西南4乡置大同场，五代后唐长兴四年（933年）升为同安县。历属泉州、清源郡、清源军、平海军、泉州路、泉州府、兴泉永道、南路道、厦门道，第五、第四行政督察区。清乾隆四十年（1775）析置马巷厅（1912年废）。1912年析置思明县，1914年析置金门县。古城因形似银锭而得名“银城”。
1949年9月19日解放，历属第五专区、晋江专区、厦门市、晋江地区、厦门市。1996年11月20日，经国务院批准，同安撤县设区，并于次年5月1日正式挂牌。
2000年第五次人口普查，同安区常住总人口580813人，其中：大同镇80457人，莲花镇32869人，汀溪镇17740人，新民镇52516人，西柯镇60241人，五显镇37060人，洪塘镇38750人，新圩镇38121人，内厝镇35175人，马巷镇81882人，新店镇76272人，大嶝镇18795人，凤南农场7563人，大帽山农场3372人。
2000年，撤销大同镇，设立大同、祥平两个街道；大同街道辖城西、西安、双溪、南门、溪边、东溪、后炉、北镇、三秀、银华、凤山、北门、西池、新安、舒安15个居委会和田洋、东山、古庄、朝元、碧岳、顶溪头、下溪头、东宅、康浔9个村；祥平街道辖陆丰、西溪、祥平3个居委会和过溪、溪声、凤岗、祥桥、杜桥、西洪塘、西湖、阳翟、卿朴、瑶头10个村。调整后，同安区辖2个街道、11镇：大同街道、祥平街道、马巷镇、新圩镇、新店镇、莲花镇、新民镇、洪塘镇、西柯镇、汀溪镇、五显镇、内厝镇、大嶝镇。
2002年10月，省政府（闽政文[2002]277号）批复同意大嶝镇政府驻地从田乾村迁移到西田。2003年4月26日，国务院批准同意设立厦门市翔安区，将厦门市同安区所辖新店、新圩、马巷、内厝、大嶝5个镇划归翔安区管辖。调整后，同安区辖大同街道、祥平街道、莲花镇、新民镇、洪塘镇、西柯镇、汀溪镇、五显镇。2003年末，全区户籍人口29.40万人，其中非农人口11.43万人。
2004年末，同安区总人口29.63万人。辖大同、祥平2个街道，洪塘、五显、西柯、新民、莲花、汀溪6个镇和竹坝、凤南、白沙仑、祥溪、汀溪5个农林场，共有110个行政村，13个社区。大同街道面积19.51平方千米，户籍人口60361人；祥平街道面积29平方千米，户籍人口42159人；莲花镇面积196.42平方千米，户籍人口36102人；新民镇面积50.74平方千米，户籍人口37603人；洪塘镇面积35.94平方千米，户籍人口30879人；西柯镇面积39.7平方千米，户籍人口34169人；汀溪镇面积114.3平方千米，户籍人口18360人；五显镇面积73.8平方千米，户籍人口36677人。
2010年第六次人口普查，同安区常住总人口496129人，其中：大同街道84091人，祥平街道111804人，莲花镇32531人，新民镇107981人，洪塘镇35854人，西柯镇62096人，汀溪镇16712人，五显镇39713人，凤南农场880人，白沙仑农场2091人，竹坝华侨农场2376人。