2003年4月26日，国务院批准同意设立厦门市翔安区，将厦门市同安区所辖新店、新圩、马巷、内厝、大嶝5个镇划归翔安区管辖。区政府驻新店镇。10月19日，翔安区正式挂牌成立，辖新店镇、新圩镇、马巷镇、内厝镇、大嶝镇5个镇。
2004年末，翔安区户籍人口260131人，流动人口13645人。辖5个镇、1场，共有101个行政村，7个社区，2个居委会。 大嶝镇面积14.6平方千米，户籍人口19204人，辖田墘、山头、蟳窟、嶝崎、双沪、阳塘、北门、东埕、小嶝9个行政村。 新店镇面积105.5平方千米，户籍人口81216人，辖新兴1个居委会和新店、莲河、霞浯、沙美、霄垄、珩厝、茂林、大宅、吕塘、溪尾、祥吴、湖头、东坑、洪前、洪厝、炉前、下后滨、下许、垵山、刘五店、东界、钟宅、浦园、西滨、澳头、欧厝、彭厝、前浯、浦边、后村、蔡厝、陈塘、东园、鼓锣34个行政村。 马巷镇面积61.08平方千米，户籍人口78676人，辖五美、友民、三乡、后亭、五星、桐梓、后滨7个社区和琼头、陈新、井头、城场、窗东、蔡浦、山亭、亭洋、郑坂、后莲、曾林、后许、沈井、黎安、内垵、垵边、前庵、内官、何厝、洪溪、同美、西炉、赵厝、西坂、市头、朱坑、舫阳27个行政村。 内厝镇面积68.17平方千米，户籍人口37562人，辖上塘、前垵、后垵、黄厝、许厝、莲塘、莲前、霞美、赵岗、曾厝、官路、美山、新垵、锄山、琼坑15个行政村。 新圩镇面积80.56平方千米，户籍人口39314人，辖龙新1个居委会和新圩、古宅、后埔、金柄、凤路、村尾、乌山、云头、面前埔、上宅、诗坂、东寮、桂林、庄垵、后亭、马塘16个行政村。 大帽山农场面积21.72平方千米，户籍人口4159人。
2005年9月28日，省政府（闽政文[2005]457号）批复同意撤销大嶝镇，设立大嶝街道，街道办事处驻原大嶝镇驻地西田。调整后，翔安区辖1个街道、4个镇：大嶝街道、新店镇、新圩镇、马巷镇、内厝镇。
2010年第六次人口普查，翔安区常住总人口304333人，其中：大嶝街道18328人，马巷镇117606人，新圩镇36141人，新店镇92770人，内厝镇37254人，大帽山农场2234人。