春秋战国时期属越国地；秦时属闽中郡；汉武帝至三国时属会稽郡、建安郡；晋时属晋安郡；南北朝时为梁所属，隶属南安郡；陈光大二年（568年）起，属莆田县；隋开皇九年（589年）改丰州为泉州，仙游隶属泉州；大业三年（607年）起，属建安郡南安县，唐武德五年（622年）复属莆田县。圣历二年（699年），析莆田县西部地设清源县，历属武荣洲，这是仙游置县之始。
天宝元年（742年）改为仙游县，历属闽泉州、南唐清源军；宋代仙游历属清源军、平海军、兴化军和兴安州。景炎二年（1277年）10月后，仙游隶属兴化路，明、清时期隶属兴化府，民国时期历属福建南路、厦门道、兴泉省和第四行政督察区。1949年8月25日后，历属第五行政督察专员公署、晋江专区、晋江地区、闽候专区、闽候地区，1970年后，隶属莆田地区。1983年9月至今，隶属莆田市。
1996年，仙游县面积1824.7平方千米，人口约93万人，辖13个镇、6个乡：鲤城镇、榜头镇、枫亭镇、郊尾镇、度尾镇、城东镇、大济镇、龙华镇、赖店镇、盖尾镇、钟山镇、游洋镇、园庄镇、西苑乡、凤山乡、石苍乡、社硎乡、书峰乡、象溪乡。县政府驻鲤城镇。
2000年第五次人口普查，仙游县常住总人口855439人，其中：鲤城镇56598人，枫亭镇94771人，榜头镇116958人，郊尾镇80421人，度尾镇70121人，城东镇31903人，赖店镇68259人，盖尾镇69504人，园庄镇37735人，大济镇71439人，龙华镇55142人，钟山镇20969人，游洋镇27396人，西苑乡9197人，凤山乡5218人，石苍乡12278人，社硎乡9370人，书峰乡11131人，象溪乡7029人。
2002年9月，省政府（闽政文[2002]270号）批复同意仙游县调整部分行政区划：（1）撤销风山乡，并入西苑乡，调整后西苑乡辖西苑、岭峰、广桥、前洋、西土乾、半岭、仙山、仙东、仙西、凤顶、凤山、前县、前溪、柳园、白岩、顶东湖16个行政村，乡政府驻西苑村。（2）撤销鲤城镇，设立鲤城街道。辖原鲤城镇的木兰、十字、洪桥、城內、南桥、仙糖6个居委会，以及原城东镇的壩垄、龙泉、玉井、来洋、蜚山、东门、万福、北宝峰、富洋9个行政村（其中壩垄、垄泉、东门、北宝峰4个行政村改为居委会）和大济镇的金井、白塔2个行政村，办事处驻洪桥居委会（原鲤城镇政府驻地）。（3）城东镇政府驻地从东门村迁移到仙安村，更名为鲤南镇，同时调整行政区域。调整后，鲤南镇辖原鲤城镇的柳坑居委会，原城东镇的仙安、霞苑、下楼、涵井4个行政村，以及原龙华镇的大坂、平原、象运、象林、象坂5个行政村和赖店镇的西埔、温泉、圣泉、玉田、玉塔、橫塘、东山7个行政村。（4）郊尾镇的芹林、盖南和新窑3个行政村划归盖尾镇管辖。
2003年末，仙游县户籍人口100.20万人，其中非农业人口18.59万人。辖1个街道、12个镇、5个乡：鲤城街道、鲤南镇、榜头镇、枫亭镇、郊尾镇、度尾镇、大济镇、龙华镇、赖店镇、盖尾镇、钟山镇、游洋镇、园庄镇、西苑乡、石苍乡、社硎乡、书峰乡、象溪乡。
2008年12月31日，省政府（闽政文[2008]448号）批复同意象溪乡更名为菜溪乡。
2010年第六次人口普查，仙游县常住总人口824707人，其中：鲤城街道102394人，枫亭镇101006人，榜头镇126539人，郊尾镇71109人，度尾镇60640人，鲤南镇49021人，赖店镇53711人，盖尾镇71460人，园庄镇28254人，大济镇61537人，龙华镇38170人，钟山镇14103人，游洋镇14454人，西苑乡11061人，石苍乡5465人，社硎乡3768人，书峰乡8350人，菜溪乡3665人。