历史上曾先后属南海郡揭阳县、义安郡绥安县、泉州（治今福州）龙溪县，漳州怀恩县、漳浦县、诏安县。明洪武二十年（1387）置铜山守御千户所，清雍正十三年（1755）属诏安县。1916年5月1日析置东山县，属汀漳道，治所铜山城（今铜陵）。1950年5月12日解放，先后属漳州行政督察区、龙溪专区（地区）、漳州市。
初建县时县治在今铜陵镇（原称城关）。1950年5月，全县划为3个区；7月，古雷从第一区分出建第四区。1956年3月，县人民委员会迁驻西埔；全县划为1镇2区。1957年，撤区并乡，全县划为1个镇（镇以下设街道）、9个大乡（大乡以下设小乡）。1958年9月16日，成立东山县人民公社；随后撤销大乡（镇）、小乡建制，全县划为城关、西埔、康美、杏陈、陈城5个公社；县人民公社改称县人民公社联合社；12月，5个公社调整为9个生产团。
1959年春，撤销东山县人民公社联合社及生产团建制，恢复城关、西埔、康美、杏陈、陈城5个公社。1961年4月，析西埔、康美两个公社的部分生产大队增置樟塘、前楼2个公社；至此，全县共有7个公社。1975年，撤销城关公社，改置城关镇和铜山公社。1980年，铜山公社并入城关镇，全县共辖1个镇、6个公社。1984年10月，撤销人民公社，实行乡（镇）、村建制。全县划为西埔、城关2个镇及康美、樟塘、杏陈、前楼、陈城5个乡。次年，城关镇改为铜陵镇。
1988年，全县有大小岛屿45个，土地面积194平方千米，其中东山岛188平方千米；有38475户、173647人，平均每平方千米895人；辖2镇、5乡，60村(含县直辖村1个)、14街。1989年12月29日，杏陈、陈城2乡改为镇。1990年，东山县辖西埔、铜陵、杏陈、陈城4镇和康美、樟塘、前楼3乡，共有14个街道居委会、60个村。1994年9月3日，省民政厅批复撤销铜陵镇建制，将其辖区并入西埔镇；同时，从康美镇划出铜钵村，樟塘镇划出湖尾村和南埔村辖区，一并并入西埔镇。【实际上，铜陵镇政府在1994年后并没停止过运转】
1996年，东山县面积194平方千米，人口约19.3万人，辖6个镇、1个乡：西埔镇、铜陵镇、康美镇、陈城镇、樟塘镇、杏陈镇、前楼乡。县政府驻西埔镇。1998年，省政府批复同意撤销前楼乡，设立前楼镇。
2000年第五次人口普查，东山县常住总人口206152人，其中：西埔镇43855人、樟塘镇16021人、康美镇20464人、杏陈镇26418人、陈城镇33863人、前楼镇12575人、铜陵(虚拟镇)52956人。
2003年末，东山县户籍人口20.29万人，其中非农业人口10.31万人。辖6个镇：西埔镇、杏陈镇、陈城镇、康美镇、樟塘镇、前楼镇，以及铜陵（虚拟镇）。
2009年7月，省政府批复同意：将原并入西埔镇的铜陵镇划出，恢复铜陵镇建制，铜陵镇辖铜兴村1个行政村和公园、顶街、码头、下田、桥雅、演武、文峰、大沃、苏峰、铜亭、桂花11个社区，镇政府驻原铜陵镇政府驻地；将原并入西埔镇的铜钵村划归康美镇；将原并入西埔镇的湖尾村、南埔村划归樟塘镇；调整后，西埔镇辖西埔、宅山、顶西、坑北、石埔、冬古、梧龙、金石、双东、亲营、顶西坑、探石、坑内13个行政村和中兴、东埔、白石、龙舞4个社区，镇人民政府驻地不变。
2010年第六次人口普查，东山县常住总人口211505人，其中：西埔镇49214人，樟塘镇16016人，康美镇23938人，杏陈镇26593人，陈城镇34748人，前楼镇12464人，铜陵镇48532人。