1996年4月21日，福建省人民政府批准成立泉州市肖厝经济开发管理委员会（简称肖厝管委会），为泉州市人民政府派出的正县级行政机构，统一管理协调区域内经济建设和社会发展事务，下辖南埔、后龙、山腰、涂岭、埭港5个镇和国有山腰盐场。1996年7月11日，肖厝管委会正式挂牌办公。1999年8月经福建省民政厅批准，镇级行政区划调整为南埔、界山、后龙、峰尾、山腰、前黄、涂岭等7个镇和国有山腰盐场。
2000年4月12日，国务院批准：同意设立泉州市泉港区。泉港区辖惠安县的山腰镇、后龙镇、南埔镇、涂岭镇、埭港镇5个镇（注：实际情况是：惠安县划出山腰镇、后龙镇、南埔镇、涂岭镇、前黄镇、峰尾镇、界山镇，设立泉州市泉港区）。区政府驻山腰镇。12月28日，泉港区正式挂牌成立。
2000年，泉港区辖7镇：山腰镇、后龙镇、南埔镇、涂岭镇、前黄镇、峰尾镇、界山镇。 根据第五次人口普查数据，总人口342211人，其中：南埔镇69677人、界山镇44882人、后龙镇38202人、峰尾镇46039人、山腰镇57094人、前黄镇35735人、涂岭镇45668人、福建炼油化工4914人。
2001年（？），泉港区辖7个镇，99个行政村。区政府驻山腰镇。
山腰镇 镇政府驻新宅。辖15个行政村：新宅、荷池、龙山、锦塔、锦川、锦山、普安、鸢峰、叶厝、埭港、陈庄、菜堂、海滨、钟厝。
前黄镇 辖13个行政村：前黄、凤南、凤北、凤阳、凤山、凤林、凤安、坑内、古县、后张、三朱、香芹、前烧。
南埔镇 镇政府驻柳厝街。辖17个行政村：柳厝、南埔、塘头、天湖、天竺、风翔、仙境、西枫、外厝、施厝、仑头、邱厝、柯厝、先锋、沙格、肖厝、惠屿。
界山镇 辖13个行政村：界山、鸠林、鹅头、河阳、狮东、东张、玉湖、玉山、槐山、大前、东凉、下朱、岭头。
后龙镇 镇政府驻礁头。辖12个行政村：后龙、上西、峰前、许厝、涂坑、东山、田里、坑仔底、后田、后乾、割山、柳亭。
峰尾镇 镇政府驻诚峰。辖8个行政村：诚峰、郭厝、诚平、前亭、上楼、峥嵘、联岩、奎壁。
涂岭镇 镇政府驻涂岭街。辖21个行政村：涂岭、松园、前瓯、清美、涂型、芦朴、汶阳、世上、白潼、驿坂、五社、路口、溪西、丘后、樟脚、寨后、黄田、小垻、秀溪、溪头、下炉。
截止2001年末，全区总人口36.45万，主要以汉族为主；回族12154人，主要分布在峰尾镇的郭厝村（9830人）和山腰镇的龙山村（2324人）；畲族5943人，主要分布在山腰的钟厝村（4802人）和鸢峰村（1141人）；蒙古族2200人，主要分布在涂岭镇的小坝村。
2003年7月16日，福建省人民政府《关于泉州市泉港区撤销山腰镇设立山腰街道办事处的批复》（闽政文[2003]216号）：同意泉港区撤销山腰镇，设立山腰街道办事处。山腰街道办事处所辖行政区域为原山腰镇的行政区域，街道办事处驻原山腰镇政府驻地锦塔。
2003年末，泉港区辖1个街道（山腰）、6个镇（后龙、南埔、涂岭、前黄、界山、峰尾），4个社区、96个行政村。2003年末，总户数91349户，总人口364779人，其中非农业人口103104人。各街镇人口：山腰街道58930人、南埔镇74630人、界山镇50299人、后龙镇41089人、峰尾镇51960人、前黄镇40228人、涂岭镇49911人。
2005年，泉港区辖山腰1个街道，南埔、后龙、涂岭、前黄、界山、峰尾6个镇，共有4个社区、96个行政村。
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