县西有高秀山，高立千丈，丹崖翠壁，秀色如画，县以此名。秦属黔中郡五溪地，两汉为巴郡涪陵县和武陵郡迁陵县地，三国蜀汉属武陵郡酉阳县，唐属思州务川县。北宋始置平茶洞土知府，南宋又置邑梅洞、石耶洞土知府，隶羁縻思州。元、明改土知府为长官司，清乾隆元年（1736年）废境内土司，置秀山县，属酉阳直隶州。
民国初属东川道，1950年属酉阳专区，1952年属涪陵专区，1983年改秀山土家族苗族自治县，1988年属黔江地区。1997年随黔江地区改属重庆直辖市管辖；同年撤销黔江地区，设立重庆市黔江开发区，代管石柱、秀山、酉阳、黔江、彭水5个自治县。2000年6月，撤销黔江开发区，秀山县改由重庆市直管。
1996年，秀山土家族苗族自治县面积2450.3平方千米，人口约55.5万人，其中土家族、苗族约31.2万人，辖3镇46乡。县政府驻中和镇。
2000年，秀山土家族苗族自治县辖中和、平凯、清溪场、石耶、洪安、石堤、龙池、溶溪、梅江9个镇和莲花、涌图、肖塘、官庄、红岩、迎凤、岑溪、中平、官桥、官舟、峨溶、龙贡、平马、雅江、海洋、大溪、保安、里仁、美萃、妙泉、宋农、涌洞、干川、川河、茅坡、膏田、玉屏、溪口、三合场、美沙、龙凤、塘坳、峻岭、孝溪、吏目、钟灵、中溪、兰桥、巴家、晏龙40个乡。
2000年第五次人口普查，秀山土家族苗族自治县常住总人口507522人，其中：中和镇37076人、平凯镇12001人、石耶镇9021人、洪安镇12655人、石堤镇8893人、龙池镇15490人、溶溪镇16385人、清溪场镇12999人、梅江镇13987人、官庄乡14544人、莲花乡16402人、涌图乡17939人、迎凤乡10761人、红岩乡8793人、肖塘乡7815人、中平乡7518人、官桥乡8433人、官舟乡8367人、岑溪乡7473人、龙贡乡5778人、雅江乡13845人、峨溶乡11807人、平马乡7153人、保安乡8351人、里仁乡8804人、大溪乡8073人、海洋乡6834人、宋农乡7521人、美萃乡7698人、妙泉乡6671人、干川乡5180人、涌洞乡7588人、川河乡2919人、茅坡乡4517人、溪口乡7441人、玉屏乡8811人、膏田乡7111人、龙凤乡10419人、塘坳乡8839人、孝溪乡11080人、峻岭乡16211人、三合场乡13251人、美沙乡10643人、钟灵乡11829人、兰桥乡14104人、吏目乡11043人、晏龙乡6391人、巴家乡4468人、中溪乡6590人。
2001年，重庆市政府（渝府[2001]125号）批复同意秀山土家族苗族自治县将9个镇、40个乡调整为32个乡镇：撤销涌图、迎凤、红岩、肖塘、莲花、官桥、龙贡、美萃、川河、玉屏、茅坡、三合场、龙凤、美沙、吏目、中溪、晏龙、官庄、峨溶、雅江、峻岭、兰桥22个乡，新设立官庄、峨溶、雅江、隘口、兰桥5个镇，调整7镇6乡行政区域。调整后秀山县乡镇平均面积由调整前的50平方千米扩大至76.57平方千米，乡镇平均人口由调整前的12050人增至18452人。
2002年末，秀山土家族苗族自治县户籍总人口59.98万人，其中非农业人口5.14万人。辖14个镇、18个乡：中和镇、平凯镇、清溪场镇、隘口镇、溶溪镇、官庄镇、龙池镇、石堤镇、峨溶镇、洪安镇、雅江镇、石耶镇、梅江镇、兰桥镇、官舟乡、孝溪乡、塘坳乡、膏田乡、溪口乡、妙泉乡、宋农乡、海洋乡、大溪乡、保安乡、里仁乡、涌洞乡、干川乡、平马乡、中平乡、岑溪乡、钟灵乡、巴家乡。共有8个居委会、522个村委会。县政府驻中和镇。
2010年第六次人口普查，秀山土家族苗族自治县常住总人口501590人，其中：中和镇105003人，平凯镇30958人，清溪场镇45338人，隘口镇14956人，溶溪镇20448人，官庄镇28805人，龙池镇21535人，石堤镇7158人，蛾溶镇18260人，洪安镇12380人，雅江镇11936人，石耶镇9069人，梅江镇25651人，兰桥镇12135人，官舟乡6978人，孝溪乡9414人，塘坳乡8214人，膏田乡13608人，溪口乡13059人，妙泉乡6874人，宋农乡5327人，海洋乡5352人，大溪乡5956人，保安乡6994人，里仁乡7245人，涌洞乡7643人，干川乡3279人，平马乡5855人，中平乡6003人，岑溪乡5611人，钟灵乡16530人，巴家乡4016人。
2011年3月1日，重庆市政府（渝府[2011]15号）批复同意撤销官舟乡、膏田乡、溪口乡、妙泉乡、宋农乡、里仁乡、钟灵乡、塘坳乡、干川乡、保安乡、平马乡、巴家乡和中和镇、平凯镇，新设立中和街道、乌杨街道、平凯街道、膏田镇、溪口镇、妙泉镇、宋农镇、里仁镇、钟灵镇，扩大清溪场镇、龙池镇、石堤镇、洪安镇、梅江镇行政区域。区划调整后，秀山县辖3个街道、18个镇、6个乡：中和街道、乌杨街道、平凯街道、清溪场镇、隘口镇、溶溪镇、官庄镇、龙池镇、石堤镇、峨溶镇、洪安镇、雅江镇、石耶镇、梅江镇、兰桥镇、膏田镇、溪口镇、妙泉镇、宋农镇、里仁镇、钟灵镇、孝溪乡、海洋乡、大溪乡、涌洞乡、中平乡、岑溪乡。县政府驻中和街道。