綦江在县南，即夜郎溪也。邑如苍帛，故名綦江。一说綦江因綦江水呈苍帛色名之。秦、汉、晋至南朝为巴郡江州县地，西魏、北周为七门郡江阴县地，隋为渝州（后改巴郡）江津县地。唐武德二年（619年），分江津县地置南州，并置隆阳县，州、县治均在今古南镇。先天元年（712年），改隆阳名为南川（今綦江）。
北宋皇佑五年（1053年），废南州为南川县。熙宁七年（1070年）于铜佛坝（今赶水镇对岸）置南平军，南川属之。元至元二十二年（1285年），撤销南平军，改南川县为南平綦江长官司。至正二十三年（1363年），明玉珍建大夏国，改南平綦江长官司为綦江县。民国时期，綦江先后属重庆蜀军府、重庆镇抚府、川东道、川军、黔军、川东边防军、川黔边防军、国民革命军第二十一军、四川省第三行政督查区。1949年11月27日，綦江县解放，属川东行政区璧山专区（后改江津专区）。1958年11月，綦江县划归重庆市管辖。
1955年析南川、綦江和贵州省桐梓3县地建立重庆市南桐矿区，包括四川省南川县的万盛、邓家、大垭、腰子、丛林、簸箕、松林等7个乡，綦江县的青年、金灵、建设等3个乡及贵州省桐梓县的第十区全区平坝、兴文、中朝、青林、上坝、板辽、天桥、茶园、大坝、农林、庙坝、民权、桃子、营寨、王家坝、景星、青山17个乡【一说，桃子荡等17个乡】，共27个乡（包括南桐、东林等煤矿区），矿区人民委员会设在万盛。1993年更名为重庆市万盛区。
2011年10月22日，《国务院关于同意重庆市调整部分行政区划的批复》（国函[2011]129号）同意撤销重庆市万盛区、綦江县，设立重庆市綦江区。以原万盛区、綦江县的行政区域为新设的重庆市綦江区的行政区域。綦江区人民政府驻古南街道中山路1号。
1996年，綦江县面积2182平方千米，人口约93.5万人，辖古南、三江、石角、东溪、赶水、打通、石壕、永新、三角、隆盛、郭扶、篆塘、盖石、镇紫、丁山、土台、安稳、扶欢、蒲河、永城、乐兴、新盛、中峰23个镇；万兴、古剑、三会、紫荆、横山、莲石、高庙、高青、羊角、大罗10个乡，县政府驻古南镇；万盛区面积565.6平方千米，人口约26.7万人，辖2个街道、5个镇、3个乡，即万盛街道、东林街道、万东镇、南桐镇、青年镇、关坝镇、丛林镇、南天乡、金桥乡、景星乡，区政府驻万东镇。
2000年第五次人口普查，綦江县常住总人口962813人，其中：古南镇134162人、三江镇22251人、石角镇56922人、东溪镇66255人、赶水镇60009人、打通镇23546人、石壕镇37223人、永新镇49944人、三角镇36240人、隆盛镇28391人、郭扶镇28262人、篆塘镇22195人、盖石镇9333人、镇紫镇15345人、丁山镇10794人、土台镇17628人、安稳镇17601人、扶欢镇34249人、蒲河镇17326人、永城镇17255人、乐兴镇13899人、新盛镇20419人、中峰镇17326人、万兴乡18448人、古剑乡12405人、三会乡12243人、紫荆乡11492人、横山乡14487人、莲石乡10132人、高庙乡11793人、高青乡9252人、羊角乡9998人、大罗乡7945人、桥河工矿区11507人、三江工矿区22106人、打通工矿区40613人、松藻工矿区13817人。万盛区常住总人口265743人，其中：万盛街道29728人、东林街道27386人、万东镇39134人、南桐镇54668人、青年镇23939人、关坝镇24687人、丛林镇24458人、南天乡11915人、景星乡9761人、金桥乡20067人。
2001年，綦江县将33个乡镇调整为19个镇：古南镇、三江镇、石角镇、东溪镇、赶水镇、打通镇、石壕镇、永新镇、三角镇、隆盛镇、郭扶镇、篆塘镇、丁山镇、安稳镇、扶欢镇、永城镇、新盛镇、中峰镇、横山镇。
2002年末，綦江县辖19个镇，50个居委会、314个行政村，户籍总人口94.95万人，其中非农业人口19.80万人；万盛区辖2个街道、7个镇、1个乡，24个居委会、92个行政村，总人口26.95万人，其中非农业人口11.53万人。
2006年4月21日，重庆市政府（渝府[2006]86号）批复同意万盛区撤销景星乡设立黑山镇。2007年7月6日，重庆市政府（渝府[2007]106号）批复同意万盛区政府驻地由万盛街道新田路69号迁至万盛街道新田路2号。
2006年末，綦江县面积2186.07平方千米。户籍人口946865人，其中农业人口736597人；常住人口83.4万人，其中城镇人口28.3万人。辖古南、三江、石角、东溪、赶水、打通、石壕、永新、三角、隆盛、郭扶、篆塘、丁山、安稳、扶欢、永城、新盛、中峰、横山19个镇，共有314个行政村、47个居委会，2630个村民小组、282个居民小组。（綦江年鉴数据）
2007年11月，重庆市政府（渝府[2007]164号）同意撤销古南镇、三江镇，设立古南、文龙、三江3个街道（12月1日正式挂牌成立）。调整后，綦江县辖3个街道、17个镇，314个行政村、47个居委会，2631个村民小组、255个居民小组。
2010年第六次人口普查，綦江县常住总人口801041人，其中：古南街道86952人，文龙街道121058人，三江街道39785人，石角镇46097人，东溪镇58169人，赶水镇65994人，打通镇51025人，石壕镇43680人，永新镇49951人，三角镇35486人，隆盛镇30661人，郭扶镇32831人，篆塘镇21048人，丁山镇8396人，安稳镇30553人，扶欢镇25164人，永城镇17634人，新盛镇13872人，中峰镇11622人，横山镇11063人。万盛区常住总人口255776人，其中：万盛街道42419人，东林街道31318人，万东镇40014人，南桐镇46684人，青年镇22162人，关坝镇23898人，丛林镇17053人，石林镇9404人，金桥镇14212人，黑山镇8612人。