2003年，万州区辖3个移民开发区： （1）龙宝移民开发区：7街道（高笋塘、牌楼、太白岩、红光、双河口、龙都、万安），7镇（高峰、武陵、凉风、甘宁、龙沙、响水、瀼渡），11乡（九池、柱山、瑞池、郭村、石桥、鹿山、河口、岩口、龙古、国家、鹿井）。 （2）天城移民开发区：5街道（钟鼓楼、枇杷坪、映水坪、周家坝、沙河），15镇（天城、分水、李河、高梁、熊家、小周、高升、三正、培文、余家、孙家、后山、弹子、董家、大周），9乡（铁峰、铁炉、大碑、葵花、黄泥、三元、大兴、桥亭、新袁）。 （3）五桥移民开发区：2街道（百安坝、五桥），11镇（长岭、新田、白羊、龙驹、长滩、白土、新乡、太龙、太安、走马、罗田），23乡（凉水、茨竹、梨树、恒合、普子、凤仪、赶场、谷雨、中山、溪口、向家、地宝、双流、黄柏、盐井、石龙、双石、油沙、燕山、长坪、马头、团结、大田）。 （4）江南新区：2街道（陈家坝、盘龙）（本站注——江南新区是经济开发区，区划上仍属五桥移民开发区）。2004年末，万州区总人口169.7万人，其中城市人口约54.5万人。
2004年7月19日，重庆市政府（渝府[2004]181号）批复同意万州区将92个乡镇街调整为53个乡镇街，其中，撤销34个乡镇、5个街道，街道更名1个，调整27个乡镇、10个街道行政辖区范围，保留15个乡镇、1个街道行政辖区和政府驻地不变【同年，万州区政府下发万州府文[2004]63号】。调整后，全区乡镇平均面积由调整前的37.6平方千米增至65.2平方千米，平均人口由调整前的18446人增至32019人。龙宝移民开发区现管辖25个乡镇街，此次撤销9个乡镇、2个街道，街道更名1个，调整8个乡镇、4个街道行政辖区范围，保留1个乡、1个街道行政辖区和政府驻地不变。天城移民开发区现管辖29个乡镇街，此次撤销12个乡镇、2个街道，调整7个镇、3个街道行政辖区范围，保留5个乡镇行政辖区和政府驻地不变。五桥移民开发区现管辖38个乡镇街，此次撤销13个乡、1个街道，调整12个乡镇、3个街道行政辖区范围，保留9个乡镇行政辖区和政府驻地不变。
2004年，万州区对村（社区）也进行规模调整：村由原来的1057个调整为448个；社区调整为183个。调整后，万州区辖11个街道、28个镇、13个乡、1个民族乡，448个行政村、183个社区：柱山乡、九池乡、郭村乡、铁峰乡、黄柏乡、溪口乡、燕山乡、长坪乡、梨树乡、凤仪乡、普子乡、地宝乡、茨竹乡、恒合土家族乡、高峰镇、龙沙镇、响水镇、武陵镇、瀼渡镇、甘宁镇、天城镇、熊家镇、大周镇、小周镇、孙家镇、高梁镇、李河镇、分水镇、余家镇、后山镇、弹子镇、长岭镇、新田镇、走马镇、白土镇、长滩镇、白羊镇、太安镇、龙驹镇、太龙镇、罗田镇、新乡镇、高笋塘街道、太白街道、牌楼街道、双河口街道、龙都街道、周家坝街道、沙河街道、钟鼓楼街道、百安坝街道、五桥街道和陈家坝街道。其中，龙宝移民开发区辖5个街道（高笋塘、太白、牌楼、双河口、龙都）、6个镇（高峰、龙沙、响水、武陵、瀼渡、甘宁）、3个乡（柱山、九池、郭村）；天城移民开发区辖3个街道（周家坝、沙河、钟鼓楼）、11个镇（天城、熊家、大周、小周、孙家、高梁、李河、分水、余家、后山、弹子）、1个乡（铁峰）；五桥移民开发区辖3个街道（百安坝、五桥、陈家坝）、11个镇（长岭、新田、走马、白土、长滩、白羊、太安、龙驹、太龙、罗田、新乡）、9个乡（黄柏、溪口、燕山、长坪、梨树、凤仪、普子、地宝、茨竹）、1个民族乡（恒合土家族乡）。
2005年4月10日，万州区宣布撤销龙宝、天城、五桥3个移民开发区。调整后的万州区，下辖42个镇乡、11个街道，总人口168万人，主城区人口53万，幅员面积3457平方千米。