1993年，巴县撤区并乡建镇（川府民政[1993]49号）：撤销铜罐驿、白市驿、虎溪、青木关、长生桥、不洞、姜家、接龙、一品、界石等十个区公所。撤销元明等六十个乡和白沙沱镇。新建陶家等三十六个镇。扩大五个镇和一个乡的行政区域。保留铜罐驿等六镇和石板等十三乡，其政府驻地和行政区域不变。
1995年，撤销巴县，设立重庆市巴南区，巴南区辖原巴县的鱼洞、鹿角、惠民、林洞、青山、丰盛、双河口、麻柳嘴、二圣、五布、乐泉、姜家、天星寺、天赐、接龙、小观、花石、石龙、石滩、一品、安澜、跳石、圣灯山、百节、界石、南彭、公平27个镇和清溪、清和、白鹤塘、凉水、双新、和平桥、龙岗、陈家、仁流、南龙、忠兴、石岗12个乡，从九龙坡区划入的李家沱、土桥2个街道办事处和花溪、南泉2个镇，区政府驻鱼洞镇。
2000年，巴南区辖李家沱、土桥2个街道，鱼洞、鹿角、惠民、木洞、青山、丰盛、二圣、双河口、麻柳嘴、五布、东泉、姜家、天星寺、天赐、接龙、小观、花石、石龙、石滩、一品、安澜、跳石、圣灯山、百节、界石、南彭、公平、花溪、南泉29个镇和清溪、清和、白鹤塘、凉水、双新、和平桥、龙岗、陈家、仁流、南龙、忠兴、石岗12个乡。
2000年第五次人口普查，巴南区常住总人口886447人，其中：李家沱街道43032人、土桥街道38518人、鱼洞镇139575人、花溪镇53123人、南泉镇19307人、界石镇27951人、公平镇14164人、百节镇15539人、一品镇21159人、鹿角镇25649人、惠民镇28148人、青山镇21728人、木洞镇25403人、双河口镇20371人、麻柳嘴镇17222人、丰盛镇22293人、天赐镇9196人、东泉镇13685人、五布镇11876人、二圣镇23564人、姜家镇18348人、天星寺镇14597人、接龙镇23729人、石滩镇11300人、花石镇11111人、石龙镇20312人、小观镇13658人、安澜镇11705人、圣灯山镇8463人、跳石镇19792人、南彭镇25142人、清溪乡10644人、白鹤塘乡5577人、清和乡6572人、和平桥乡9108人、双新乡7884人、凉水乡9116人、龙岗乡11021人、南龙乡11404人、仁流乡9348人、陈家乡8081人、石岗乡14054人、忠兴乡13978人。
2001年行政区划调整后，全区辖李家沱、鱼洞2个街道和花溪、南泉、惠民、木洞、麻柳嘴、双河口、丰盛、东泉、姜家、天星寺、二圣、接龙、石滩、石龙、一品、安澜、跳石、界石、南彭19个镇。
2002年11月20日，重庆市政府（渝府[2002]193号）批复同意将石龙镇后沟村划归石滩镇管辖。2002年末，巴南区户籍总人口85.73万人，其中非农业人口23.71万人。辖2个街道、19个镇，76个居委会、341个行政村。
2008年6月16日，重庆市政府（渝府[2008]79号）批准同意南泉镇政府驻地由南泉正街68号迁至鹿角社区富源街67号。2008年末，全区辖2个街道、19个镇：鱼洞街道、李家沱街道、花溪镇、南泉镇、界石镇、一品镇、南彭镇、惠民镇、安澜镇、跳石镇、木洞镇、双河口镇、麻柳嘴镇、丰盛镇、二圣镇、东泉镇、姜家镇、天星寺镇、接龙镇、石滩镇、石龙镇。区政府驻鱼洞街道。
2009年3月2日，重庆市政府（渝府[2009]33号）批准同意撤销花溪镇、南泉镇、南彭镇、惠民镇、一品镇，设立花溪街道、南泉街道、南彭街道、惠民街道、一品街道；调整鱼洞街道、李家沱街道的行政区域范围，新设立龙洲湾街道。调整后，全区辖8个街道、14个镇：鱼洞街道、李家沱街道、龙洲湾街道、花溪街道、南泉街道、南彭街道、惠民街道、一品街道、界石镇、安澜镇、跳石镇、木洞镇、双河口镇、麻柳嘴镇、丰盛镇、二圣镇、东泉镇、姜家镇、天星寺镇、接龙镇、石滩镇、石龙镇。
2010年第六次人口普查，巴南区常住总人口918692人，其中：龙洲湾街道42786人，鱼洞街道171363人，花溪街道130637人，李家沱街道89213人，南泉街道53056人，一品街道21648人，南彭街道46786人，惠民街道23017人，界石镇47636人，安澜镇31546人，跳石镇28825人，木洞镇36704人，双河口镇12739人，麻柳嘴镇18847人，丰盛镇13649人，二圣镇16461人，东泉镇29134人，姜家镇16518人，天星寺镇8383人，接龙镇48018人，石滩镇11295人，石龙镇20431人。