明朝年间，区境内有一地名“九龙滩”。1938年4月，建成九龙铺码头。1939年3月，建九龙铺机场（重庆南站）。1942年建重庆市第十七区九龙铺镇。九龙铺与“九龙坡”音相近。1955年10月24日，第四区被定名为“九龙坡区”。
1939年5月建重庆市第八区。先后建有化龙桥、黄沙溪、遗爱祠和新市场（遗爱祠在市中区鹅岭正街一带；新市场在沙坪坝区下肖家湾一带）各镇。1943年12月新市场与遗爱祠合并建复兴关镇（抗日战争时曾改浮图关为复兴关）。1944年10月，以上各镇撤销。第八区区署（1944年10月后称区公所）驻化龙桥。
1939年12月，建重庆市石桥铺直辖镇。今石坪桥、谢家湾、杨家坪、黄桷坪和九龙乡大部分地方，属重庆市石桥铺直辖镇。1942年2月改建为重庆市第十七区。先后建有石桥铺、歇台、鹤皋岩、九龙铺各镇。1944年10月，以上各镇撤销。第十七区区署（1944年10月后称区公所）驻石桥铺。
1950年10月20日，将解放前重庆市第八区和第十七区区域合并建重庆市第四区，区政府驻大坪。1952年11月6日，区人民政府迁驻李家沱。1955年10月24日，第四区更名为九龙坡区。
1952年11月6日，区划调整：化龙桥、大坪、歇台子和石桥铺四个街道，石桥、歇台和黄泥三个乡划给第三区（沙坪坝区，3乡于1951年4月至9月建，歇台乡再沙坪坝去石桥乡以东，歇台子一带，黄泥乡再石桥乡以西，黄泥街、二郎村一带）；黄沙溪和遗爱祠2个街道划给第一区（市中区）；又陆续将巴县人和镇（驻中梁山）、建胜乡（1951年10月巴县人和镇置）、屏都镇（驻土桥）、南泉管理局（驻南泉镇）、渔洞镇、大窝乡和石板乡（石板乡为第四区渔洞镇置，划还巴县后改名小坝乡）划还巴县。同年1月17日，巴县跳蹬乡双河等三个村民组划入第四区；2月21日，巴县立桅乡的新田、界石乡的虎啸2个村民组（即南泉镇白鹤、虎啸2村）划入第四区。1965年2月15日，划九宫庙、新山村、河跃进村3个街道办事处建重庆市大渡口区。
1995年初，重庆市进行行政区划调整，九龙坡区辖杨家坪、谢家湾、石坪桥、黄桷坪、中梁山5个街道办事处和九龙、华岩2个镇，从沙坪坝区划入的石桥铺街道办事处、石桥镇，从巴县划入的西彭、铜罐驿、陶家、白市驿、巴福、走马、金凤、含谷8个镇和石板乡。全区总面积417.8平方千米，总人口约65万人。辖6街道11镇1乡。区政府驻杨家坪。
2000年，九龙坡区辖杨家坪、谢家湾、石坪桥、黄桷坪、中梁山、石桥铺6个街道和九龙、华岩、西彭、铜罐驿、陶家、白市驿、巴福、走马、金凤、含谷、石桥、石板12个镇。
2000年第五次人口普查，九龙坡区常住总人口878777人，其中：杨家坪街道92944人、黄桷坪街道54743人、谢家湾街道82334人、石坪桥街道56732人、石桥铺街道111394人、中梁山街道51472人、九龙镇53630人、石桥镇75669人、华岩镇44885人、含谷镇17416人、金凤镇20149人、白市驿镇42574人、走马镇21216人、石板镇8806人、巴福镇11058人、陶家镇16149人、西彭镇91721人、铜罐驿镇25885人。
2002年末，九龙坡区户籍总人口73.26万人，其中非农业人口49.15万人。辖杨家坪、黄桷坪、谢家湾、石坪桥、石桥铺、中梁山6个街道和九龙、石桥、华岩、西彭、铜罐驿、陶家、巴福、石板、走马、白市驿、金凤、含谷12个镇，62个居委会、107个村委会。
2004年9月28日，重庆市政府（渝府[2004]242号）批复同意撤销石桥镇，设立渝州路街道，办事处驻渝州路73号。
2010年第六次人口普查，九龙坡区常住总人口1084419人，其中：杨家坪街道111578人，黄桷坪街道64112人，谢家湾街道78227人，石坪桥街道72281人，石桥铺街道143928人，中梁山街道88739人，渝州路街道90840人，九龙镇82052人，华岩镇46677人，含谷镇37175人，金凤镇16305人，白市驿镇74989人，走马镇15632人，石板镇9308人，巴福镇14728人，陶家镇16467人，西彭镇102020人，铜罐驿镇19361人。
2010年11月3日，重庆市政府（渝府[2010]101号）批复同意石桥铺街道渝州路街道行政区划调整：以主干道石小路、石杨路、龙腾大道中心线为界进行划分，该界线东起大公馆立交，西止石小路白马凼与沙坪坝区交界处，将该区域分为南北两块，北面由渝州路街道管辖，南面由石桥铺街道管辖。
2014年1月3日，重庆市政府（渝府[2014]1号）批复同意调整石桥铺街道行政区域范围，增设二郎街道（以龙腾大道、成渝高速公路为界，东起龙腾大道五台山小区路口加油站处，经陈家坪立交接成渝高速公路，西止于成渝高速公路与凤西路交汇处。界线以北为石桥铺街道，以南为二郎街道）；调整华岩镇、中梁山街道行政区域范围（界线东起华九路东西向延伸段与大渡口区交界处，接华福大道北段后南行800米右转接田福路，沿石堰村8组与华龙家园社区、协兴村社区界，北行穿越华玉路，再沿田坝村社区与协兴村社区界，穿越襄渝铁路南行，接新政村9组与石堰村8组界西行至中梁山国有林场东侧，沿国有林场与共和村6组、西山村4组、3组、1组界北行，止于西山村1组与沙坪坝区交界处，界线以北为中梁山街道，以南为华岩镇）。（2月26日正式实施）调整后，九龙坡区辖8个街道、11个镇。