唐为蕲县、钟离等县地。南宋宝佑五年（1257）置怀远军。据《名胜志》：宋置怀远军，取宋理宗赵昀“荆山为城，义在怀远”一语为军名。元至元二十八年（1291）废军，改为怀远县。1983年6月为蚌埠市辖县。
1996年，怀远县面积2460平方千米，人口约118.6万人。辖11个镇、18个乡：城关镇、鲍集镇、龙亢镇、常坟镇、河溜镇、马城镇、魏庄镇、五岔镇、万福镇、唐集镇、双桥集镇、朱疃乡、找郢乡、孝仪乡、燕集乡、淝河乡、梅桥乡、姚山乡、褚集乡、看疃乡、陈集乡、高庄乡、古城乡、东庙乡、项桥乡、徐圩乡、双沟乡、兰桥乡、荆芡乡。县政府驻城关镇。
2000年第五次人口普查，怀远县常住总人口1234561人，其中：城关镇70299人，包集镇39882人，龙亢镇32105人，河溜镇47255人，常坟镇41224人，马城镇43485人，双桥集镇53928人，魏庄镇41778人，五岔镇43347人，万福镇47984人，唐集镇45597人，燕集乡29269人，淝河乡35777人，朱疃乡38659人，找郢乡49365人，梅桥乡46649人，姚山乡48988人，褚集乡40175人，看疃乡32580人，陈集乡35100人，高庄乡36559人，古城乡52077人，东庙乡31690人，项桥乡26630人，徐圩乡45660人，双沟乡39234人，兰桥乡36319人，荆芡乡47341人，孝仪乡46166人，龙亢农场9439人。
2004年1月10日，国务院（国函[2004]4号）批准同意将梅桥乡划归蚌埠市淮上区管辖。调整前，怀远县面积2460平方千米，户籍人口129万人（2001年）。
2004年5月，怀远县将28个乡镇调整为19个乡镇（10镇、9乡），即撤销五岔镇、看疃乡、高庄乡、项桥乡、燕集乡、双沟乡、东庙乡、姚山乡、朱疃乡、孝仪乡10个乡镇，调整城关镇、鲍集镇、龙亢镇、淝河乡、河溜镇、荆芡乡、常坟镇、唐集镇、找郢乡、马城镇10个乡镇的行政区划，新设立淝南乡1个乡，保留双桥集镇、魏庄镇、万福镇、褚集乡、古城乡、徐圩乡、兰桥乡、陈集乡8个乡镇。并将685个行政村撤并为365个。
2004年末，怀远县辖10个镇、9个乡：城关镇、鲍集镇、龙亢镇、河溜镇、常坟镇、唐集镇、马城镇、双桥集镇、魏庄镇、万福镇、荆芡乡、找郢乡、淝河乡、褚集乡、古城乡、徐圩乡、兰桥乡、陈集乡、淝南乡。
2010年第六次人口普查，怀远县常住总人口1028066人，其中：城关镇165097人，鲍集镇60795人，龙亢镇51998人，河溜镇51965人，常坟镇66062人，马城镇69723人，双桥集镇47389人，魏庄镇31339人，万福镇41766人，唐集镇63884人，淝南乡36918人，淝河乡49909人，褚集乡37937人，陈集乡30737人，古城乡34981人，徐圩乡35555人，兰桥乡31846人，荆芡乡45300人，找郢乡61476人，龙亢农场10065人，经济开发区3324人。
2013年，将怀远县管辖的马城镇整建制划归蚌埠市禹会区管辖（民地字[2013]135号），同时将怀远县管辖的城关镇上洪、下洪、杜郢、涂山、陈郢、韩郢、冷水7个村划归禹会区秦集镇管辖。
2014年，撤销找郢乡，设立白莲坡镇（民地函[2014]152号）。2015年，撤销古城乡，设立古城镇（皖民地函[2015]142号）；撤销褚集乡，设立褚集镇（皖民地函[2015]143号）。至此，全县辖12个镇、6个乡。