1984年，复设南芬区，立新区更名为明山区。1989年6月29日，撤销本溪县，设立本溪满族自治县。1989年9月7日，撤销桓仁县，设立桓仁满族自治县。1993年3月15日，辽宁省人民政府批准：设立本溪经济技术开发区，以溪湖区部分行政区域为本溪经济技术开发区管辖区域【注：非正式行政区划，行使部分行政区职能，管委会驻溪湖区石桥子镇】。
1997年，全市面积8438.2平方千米，人口158万人。辖平山、明山、溪湖、南芬4区和本溪、桓仁2个满族自治县。
1998年，辽宁省政府（辽政[1998]11号）批准设立本溪市溪湖区张其寨乡，其行政区域为张其寨畜牧场所辖区域。1998年，设立桓仁满族自治县城区街道，不是正式的街道，但行使部分街道的功能，辖有社区。1999年（？），撤销溪湖区柳塘街道、河沿街道、水泥街道和明山区体育场街道、张家堡街道；设立明山区新明街道。
2000年第五次全国人口普查，本溪市总人口1567408人。其中：平山区356430人、溪湖区223735人、明山区311615人、南芬区88289人、本溪县293834人、桓仁县293505人。
2002年1月10日，辽宁省政府（辽政[2002]15号）批准本溪市调整部分乡镇行政区划：一、平山区：撤销北台镇，将其原所辖的富家、岭下、梨沟3个村划入桥头镇；将北台镇原其余所辖的2个村委会、3个社区居委会，改设北台街道办事处。二、明山区：撤销牛心台镇，将其原所辖的大南、大浓湖、金坑3个村划入卧龙镇；区划调整后，将牛心台镇其余原所辖的4个社区居委会和3个村，改设牛心台街道办事处。三、溪湖区：同意撤销东风镇，改设东风街道办事处；撤销火连寨回族满族镇，设立火连寨镇。四、南芬区：撤销下马塘满族镇，设立下马塘镇。五、本溪满族自治县：撤销小市镇、山城子镇，合并设立小市镇；撤销清河城镇、富家楼子乡，合并设立清河城镇。六、桓仁满族自治县：撤销桓仁镇、四道河子乡、六道河子朝鲜族乡，合并设立桓仁镇；撤销拐磨子朝鲜族镇，设立拐磨子镇；撤销普乐堡朝鲜族镇，设立普乐堡镇。截止2002年2月，全市辖4个区、2个自治县，23个街道、12个乡、28个镇，388个村、220个社区。
2005年8月3日，辽宁省政府《关于同意调整桓仁满族自治县部分行政区划的批复》（辽政[2005]210号）：同意撤销桓仁满族自治县四平乡、二棚甸子镇，合并设立二棚甸子镇，镇政府驻地东风社区，区域面积314平方千米，辖6个社区，8个行政村。
2006年5月8日，辽宁省政府下发《关于同意调整本溪市部分乡镇行政区划的批复》（辽政[2006]94号）批准：（1）本溪满族自治县撤销高官乡、偏岭镇，合并设立高官镇；撤销泉水镇、小市镇，合并设立小市镇，将原泉水镇富城峪村民组划归清河城镇城西村；撤销兰河峪乡，将原兰河峪乡兰河峪村、城门村划归碱厂镇；原兰河峪乡新城子村、南营坊村划归东营坊乡。（2）桓仁满族自治县撤销木盂子镇、铧尖子镇、二户来镇，合并设立华来镇；撤销业主沟乡、拐磨子镇，合并设立古城镇。（3）南芬区撤销南芬乡，设立郭家街道办事处。（4）明山区撤销卧龙镇，设立卧龙街道办事处。通过此次乡镇规模调整，全市乡镇总数由39个（28个镇、11个乡）减少到31个（24个镇、7个乡），同时街道办事处由23个增加到25个。乡镇辖区面积平均在200平方千米以上，最大的达600多平方千米，平均人口在2万人以上。
2007年7月7日，本溪市人民政府批准，设立桓仁五女山经济资源开发区，属市级开发区，其管理委员会是桓仁满族自治县人民政府的派出机构。
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