自战国末期至秦统一六国后，一直为辽东郡地。西汉武帝元朝元年（公元前128年）置武次县（武次城位于今大堡蒙古族乡大堡村北山村民组古城址处，一说位于凤凰城街道利民社区刘家堡子古城址处），隶属辽东郡管辖。东晋安帝元兴三年（公元404年）高句丽割据辽东，设乌城（又作居城）州。乌城建在凤凰山上，即凤凰山山城。唐置安东都护府，凤城在其辖境内。圣历元年（698年），凤城属渤海国东京龙原府。
辽朝设立龙原府、龙原县，府、县同驻龙原城（凤城古城址），龙原府辖盐州、穆州、贺州3州和龙原县、会农县。1011年，撤销龙原府、龙原县，设立开州、开远县，州、县同驻开远城（凤城古城址）。1014年，撤销开州，设立开封府，开封府辖开远县。1018年开封府更名开州。1125年金灭辽后，凤城属东京路（辽阳）来远州。元属辽阳行省辽阳路。
明成化十七年（1481年）筑城于凤凰山北，称凤凰城堡，隶属辽东都指挥使司。清乾隆四十一年（1776年）设凤凰城巡检司，隶岫岩通判。光绪二年（1876年）改置凤凰直隶厅，辖岫岩州、安东县、宽甸县。1877年（光绪三年，于凤凰城设立分巡奉天东边兵备道（简称东边道），管辖凤凰直隶厅、兴京厅、岫岩州、安东县、宽甸县、通化县、桓仁县2厅1州4县。
民国二年（1913年），改凤凰直隶厅为凤凰县。1914年因与湖南省凤凰县重名，改为凤城县，属奉天省。1945年“九·三”胜利后，成立凤城县政府。1946年国民党进驻。1947年5月，恢复建立凤城县政府，属辽东省管辖。1954年归辽宁省管辖。
1985年1月17日，国务院（国函[1985]9号）批准：撤销凤城县，设立凤城满族自治县。1994年3月8日，民政部（民行批[1994]41号）批准：撤销凤城满族自治县，设立凤城市（县级）。
1997年，凤城市面积5740平方千米，人口60.3万，其中满族占总人口70%。辖凤凰城、凤山、草河、通远堡4个街道，青城子、叆阳、赛马、鸡冠山、汤山城、边门、红旗、弟兄山、大堡蒙古族、东汤、刘家河、宝山、蓝旗、白旗、四门子、石城16镇，沙里寨、大洼、杨木3乡。市府驻凤凰城。
1999年，辽宁省政府（辽政[1999]252号）批准：将凤城市汤山城镇划归丹东市振安区。2000年，全市辖3个街道、19个镇：凤凰城街道、凤山街道、草河街道、通远堡街道、青城子镇、叆阳镇、赛马镇、鸡冠山镇、边门镇、红旗镇、弟兄山镇、大堡蒙古族镇、东汤镇、刘家河镇、宝山镇、蓝旗镇、白旗镇、四门子镇、石城镇、沙里寨镇、大兴镇、玉龙镇。
2000年第五次人口普查，全市总人口560384人，其中：凤凰城街道102563人、凤山街道53192人、草河街道17195人、青城子镇30265人、通远堡镇29334人、鸡冠山镇24284人、红旗镇17881人、边门镇20719人、东汤镇22800人、大堡蒙古族镇22087人、叆阳镇37639人、赛马镇31841人、弟兄山镇15084人、刘家河镇22697人、四门子镇14160人、宝山镇19302人、白旗镇12188人、沙里寨镇12751人、蓝旗镇16926人、玉龙镇7068人、石城镇20633人、大兴镇9775人。
2002年2月4日，辽宁省政府（辽政[2002]35号）文件批准：撤销玉龙镇，将其原所辖的7个村划入边门镇；将原玉龙镇的台沟村划入红旗镇；撤销大堡蒙古族镇，设立大堡镇；将（云爱）阳镇更名为爱阳镇，所辖行政区域不变。具体为：1．撤销玉龙镇，将其原所辖的建设、韩家、陶家、谢家、那家、敖家、双庙7个村（区域面积147.85平方千米）划入边门镇。区划调整后，边门镇政府驻地不变（边门村兴民路126号），区域面积403.68平方千米，辖21个村委会。将原玉龙镇的台沟村（区域面积16.16平方千米）划入红旗镇。区划调整后，红旗镇政府驻地不变（永兴村政府路2号），区域面积254.21平方千米，辖12个村委会。2．撤销大堡蒙古族镇，设立大堡镇；所辖行政区域不变，继续享受民族乡待遇。3．将叆阳镇更名为爱阳镇，所辖行政区域不变。
2002年，凤城市面积5518.15平方千米。人口57.69万人。辖3个街道、18个镇：凤凰城街道、凤山街道、草河街道、通远堡街道、青城子镇、爱阳镇、赛马镇、鸡冠山镇、边门镇、红旗镇、弟兄山镇、大堡镇、东汤镇、刘家河镇、宝山镇、蓝旗镇、白旗镇、四门子镇、石城镇、沙里寨镇、大兴镇。共有256个村委会、35个居委会，2150个村民小组。
2007年2月8日，辽宁省政府《关于同意撤销凤城市大堡镇设立大堡蒙古族乡的批复》（辽政[2007]24号）：同意撤销凤城市大堡镇，设立大堡蒙古族乡，其所辖行政区域和政府驻地不变。
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