宁洱，取“安宁的普洱”之意。曾改为普洱县，因普洱山而得名。 商、周时，属产里地。秦朝属西南夷地。西汉为哀牢地；东汉、三国蜀汉属益州永昌郡；两晋南北朝属宁州永昌郡。隋属濮部。唐南诏国为步日赕（今宁洱县城），属银生节度。宋大理国为威楚府步日部。元置普日思摩甸长官司，属元江路。明洪武十六年（1383），普日思麽甸长官司省入车里军民府，改称普耳，万历年间改称普洱。
清初属元江府，康熙三年（1663）设元江府分防通判驻普洱，雍正七年（1729）7月，设普洱府；雍正八年（1730）7月，普洱府属迤东道（治曲靖府）。雍正十三年（1735）10月，以攸乐通判改置宁洱县，辖圆通、信成、善长、嘉会、义正五里和、普藤、勐旺、整董、勐乌、乌得五勐地及竜得、等角，为普洱府驻地。乾隆三十一年（1766）10月，普洱府属迤南道（治普洱府）。
民国2年（1913）4月，裁府留县，宁洱县更名为普洱县，迤南道更名为滇南道，普洱县为滇南道驻地；民国3年（1914）6月，滇南道改为普洱道，道署由宁洱县迁驻思茅县；因与道同名，普洱县复名为宁洱县。民国15年（1926），普洱道署迁回宁洱县。民国18年（1929）11月，废普洱道，设立云南省第二殖边督办公署，公署驻宁洱县；民国21年（1932）4月，宁洱县属第12政务视察区；民国23年（1934）4月，宁洱县属第15政务视察区；民国24年（1935）8月，宁洱县属第6政务视察区；民国27年（1938）9月，宁洱县属第8政务视察区；民国28年（1939）第二殖办督办公署裁撤；民国30年（1941）6月15日，宁洱县属云南省第一区行政督察专员公署，为专署驻地；民国31年（1942）7月，宁洱县属第四区行政督察专员公署，为专署驻地；民国35年（1946）10月，宁洱县属第七区行政督察专员公署。
1949年3月11日，宁洱解放；5月10日，宁洱县临时人民政府成立。8月1日，改称宁洱县人民政府，为宁洱专区驻地。9月，全县成立10个区、104个村、6个街人民政府。1950年11月，宁洱县人民政府驻地由宁洱迁往磨黑。1951年4月2日，政务院批准：将宁洱专区更名为普洱专区，将宁洱县更名为普洱县，县人民政府驻宁洱镇，普洱专区驻普洱县。1953年3月28日，政务院批准：普洱专区更名为思茅专区，驻地由普洱县迁至思茅县（1955年5月迁驻思茅）。
1955年6月，普洱县人民政府驻地从磨黑迁回宁洱。1958年3月，普洱县通关区（面积361平方千米）划归墨江县。1960年9月13日，国务院全体会议第103次会议通过：撤销思茅县，将原思茅县的行政区域并归普洱县（1958年11月撤并）。1970年，思茅专区改为思茅地区，普洱县属思茅地区。1981年5月9日国务院批复：设立思茅县。以合并于普洱县的原思茅县的思茅镇和云仙、震东、南屏、竹林、翠云、大寨6个公社，为思茅县的行政区域，县级机关驻思茅镇（1982年1月分设）。
1985年6月11日国务院【国函字88号】批复：撤销普洱县，设立普洱哈尼族彝族自治县，以原普洱县的行政区域为普洱哈尼族彝族自治县的行政区域；12月15日正式成立。2003年10月30日，国务院批准（国函[2003]113号）：撤销思茅地区，设立地级思茅市，普洱县属地级思茅市。2007年1月21日，国务院（国函[2007]8号）批准：同意云南省思茅市更名为云南省普洱市，普洱哈尼族彝族自治县更名为宁洱哈尼族彝族自治县，思茅市翠云区更名为普洱市思茅区。2月16日，云政复（2007）29号：《关于思茅及相关县区更名的通知》公布以上变更。4月8日，普洱哈尼族彝族自治县正式更名为宁洱哈尼族彝族自治县。
1996年，普洱哈尼彝族自治县辖2个镇、9个乡：宁洱镇、磨黑镇、凤阳乡、勐先乡、德化乡、把边乡、德安乡、梅子乡、黎明乡、普义乡、同心乡。县政府驻宁洱镇。
2000年第五次人口普查，普洱哈尼彝族自治县常住总人口188106人，其中：宁洱镇43905人，磨黑镇10195人，凤阳乡24035人，德化乡13040人，同心乡15801人，勐先乡21356人，普义乡12260人，黎明乡11944人，把边乡12722人，德安乡11106人，梅子乡11742人。
2006年1月20日，云南省政府批准同意：撤销把边乡，其行政区域并入磨黑镇，镇政府驻地不变；撤销凤阳乡，其行政区域并入宁洱镇，镇政府驻原凤阳乡政府驻地。区划调整后，普洱哈尼彝族自治县辖2个镇、7个乡：宁洱镇、磨黑镇、勐先乡、德化乡、德安乡、梅子乡、黎明乡、普义乡、同心乡。共有4个居委会、85个行政村。
2010年第六次人口普查，宁洱哈尼族彝族自治县常住总人口185719人，其中：宁洱镇76574人，磨黑镇20962人，德安乡9840人，德化乡10455人，同心乡16092人，勐先乡19666人，普义乡11934人，黎明乡10145人，梅子乡10051人。
2012年12月28日，省政府（云政复[2012]87号）批复同意撤销勐先乡、德化乡、同心乡、梅子乡，设立勐先镇、德化镇、同心镇、梅子镇。调整后，全县辖6个镇、3个乡：宁洱镇、磨黑镇、德化镇、同心镇、勐先镇、梅子镇、德安乡、普义乡、黎明乡。