2000年12月31日，经国务院批准，撤销县级吴县市，设立苏州市吴中区、相城区。吴中区辖原县级吴县市的长桥、胥口、木渎、横泾、浦庄、渡村、东山、西山、藏书、光福、镇湖、东渚、甪直、车坊、郭巷15个镇。区人民政府驻长桥镇。
　　2001年2月28日，吴中区正式挂牌。新设立的苏州市吴中区辖原吴县市的长桥、胥口、木渎、横泾、渡村、东山、西山、藏书、光福、镇湖、东渚、甪直、车坊、郭巷15个镇。区人民政府驻长桥镇。吴中区面积767平方千米，人口56.32万。新设立的苏州市相城区辖原吴县市的陆慕、蠡口、黄桥、渭塘、太平、湘城、阳澄湖、北桥、黄埭、东桥、望亭、通安12个镇。区人民政府驻陆慕镇，相城区面积490平方千米，人口40.2万。行政区划调整后，苏州市辖张家港、常熟、太仓、昆山、吴江5个县级市和平江、沧浪、金阊、虎丘、吴中、相城6个区，市区面积扩大到1730平方千米，人口205.9万。

　　2001年，吴中区辖15个镇：长桥镇、胥口镇、木渎镇、横泾镇、浦庄镇、渡村镇、东山镇、西山镇、藏书镇、光福镇、镇湖镇、东渚镇、甪直镇、车坊镇、郭巷镇。
　　2002年9月，苏州市进行区划调整，将吴中区的东渚镇、镇湖街道划归虎丘区管辖。