厦门岛古称嘉禾屿，别称鹭岛。汉代属侯官县地。晋太康三年（282）置同安县，属晋安郡，后并入晋安县。隋代为南安县属地。唐贞元十九年（803）析南安县西南4乡置大同场，五代后唐长兴四年（933）升为同安县，属泉州。宋属清源军、平海军、泉州。元属泉州路。明属泉州府。
厦门市思明区、海沧区、湖里区、集美区4个区在唐开元二十年（732）称新城，大中元年（847）设嘉禾里，仍为南安县属地。后唐长兴四年（933年）改隶同安县。宋代厦门仍称嘉禾里，归同安县绥德乡管辖。
元至元十六年（1279）置嘉禾千户所。元代改里为都，厦门设四个都，即二十一都、二十二都、二十三都和二十四都，仍隶属同安县绥德乡。
洪武二十年（1387）始筑厦门城。明洪武二十七年（1394）徙永宁卫中、左千户所驻守嘉禾屿，并在嘉禾屿西南俗称厦门（一称下门）的地方筑城，此后遂以中左所作为岛名。明代实行里都图制，厦门为嘉禾里，下设四个都，每个都下辖两个图（此时的鼓浪屿属二十二都二图）。明永历五年（清顺治七年，1650年）郑成功驻兵厦门。永历九年（清顺治十二年，1655年），郑成功改中左所为思明州，所辖境域包括厦门岛、鼓浪屿、浯洲（金门岛）、烈屿（小金门岛）等岛屿。
清康熙十九年（1680）废思明州，复名厦门，属同安县绥德乡。康熙二十三年（1684）设台厦兵备道，管理台湾、厦门两地政务，道尹驻台湾府治（雍正六年即1728年台湾府改为台湾道），康熙二十五年（1686）泉州府海防同知移驻厦门。雍正五年（1727）兴泉道自泉州移驻厦门。雍正十二年改称兴泉永道，管辖兴化府（今莆田市）、泉州府和永春州。鸦片战争之后，清政府被迫与英国签订《南京条约》，厦门成为《南京条约》中规定的五个通商口岸之一。道光二十三年九月十一日（1843年11月2日），厦门正式开埠。光绪二十八年十月二十二日（1902年11月21日），清政府正式批准《厦门鼓浪屿租界土地章程》，鼓浪屿成为“万国租界”。
民国元年（1912）4月析同安县嘉禾里（厦门）及金门、大小嶝置思明县，9月升思明府，旋废。1915年分出金门、大小嶝设金门县。1912年置南路道（1914年改名厦门道，1925年废）。1933年“中华共和国人民革命政府”（即“福建政府”）设厦门特别市，旋废。1934年同安、思明县属第五行政督察区（驻同安）。 1935年4月以厦门及鼓浪屿等7个岛屿设厦门市，撤销思明县设禾山特种区，与同安县同属第四行政督察区（驻同安），1938年5月至1945年9月沦陷，10月恢复厦门市建制，设中心（后改思明）、开元、鼓浪屿、禾山4区。
1949年9月、10月17日同安县、厦门市解放，同安县属第五专区（1950年改泉州专区、晋江专区），厦门为省辖市，1950年10月厦门市设开元、思明、鼓浪屿、厦港（后废）、禾山5区。1953年同安县集美镇归厦门市辖，1958年1月撤禾山区，改设郊区，8月同安县由晋江专区划属厦门市。[注：也有说1950年3月撤销厦港区，1957年5月置厦门郊区。待查。]
1966年8月开元、思明区更名东风、向阳区（1979年10月复原名），1970年2月同安县划属晋江专区（地区），1973年6月再归厦门市。1978年9月设杏林区。1987年8月增设湖里区，郊区改名集美区。1991年12月，经福建省民政厅批准，厦门市农村11个乡，全部改为镇建制。1996年11月20日，国务院批准，撤销同安县，设立厦门市同安区。次年5月1日，同安区正式挂牌。
