南朝陈光大二年（568）析南安县地建莆田县，不久撤县。隋开皇九年（589）置莆田县，不久即废。唐武德五年（622）再置莆田县，属丰州（州治今南安丰州）。圣历二年（699）析莆田县西部置清源县。天宝元年（742）清源县改名仙游县，莆田、仙游2县均属清源郡（郡治今泉州）。宋太平兴国四年（979）析莆田、仙游、福清、永泰县地置兴化县，建太平军（后改兴化军，治所兴化县），领兴化、莆田、仙游3县，八年（983）治所迁莆田县，景炎二年（1277）兴化军改为兴安州。元至元十五年（1278）为兴化路。明洪武二年（1369）为兴化府，正统十三年（1448）裁兴化县。清沿明制，清末属兴泉永道。
1912年废府，属南路道（1914年改厦门道）。1925年废道，直属福建省。1933年“中华共和国人民革命政府”即“福建政府”成立时属“兴泉（泉海）省”。1934年7月属第四行政督察区（驻仙游，领仙游、永春、德化、大田、惠安、莆田6县）。
1949年8月21日解放，属第五专区，1950年属泉州专区，1955年属晋江专区。1970年6月，莆田、仙游两县由晋江专区划归闽侯专区，同时把闽侯专区改为莆田专区。1971年5月改为莆田地区，辖莆田、仙游、福清、平潭、长乐、闽侯、闽清、永泰8县。1973年7月划闽侯县归福州市。
1983年4月28日，国务院批准撤销莆田地区，将闽清、永泰、福清、长乐、平潭5县划归福州市，将莆田、仙游2县划归晋江地区。1983年9月9日，国务院批准设立地级莆田市，以莆田县部分行政区域为该市行政区域，将晋江地区的莆田、仙游二县划归莆田市管辖。析莆田县地置城厢、涵江2区。将莆田县的城厢镇、城郊公社成立城厢区，将莆田县的涵江镇、涵江公社成立涵江区。
2000年，据第五次全国人口普查数据，莆田市总人口2717923人。其中：城厢区 230816人、涵江区 213110人、莆田县 1428558人、仙游县 855439人。
