汉初闽越王首建冶城,宋熙宁二年(公元1069年)郡守在城楼置铜壶滴漏报时,郡守程师孟于城楼置铜壶滴漏报时,谓之鼓楼,“鼓楼”因此得名。
1946年1月福州建市时即置鼓楼区,与大根区并列市辖区。1949年8月17日福州解放后,仍为市辖区,设区公所;1951年改设区人民政府;1955年改称区人民委员会;1956年大根区并入;1968年9月更名为红卫区,1978年4月恢复鼓楼区。
1955年11月,设鼓东、鼓西、华大、新民4个街道办事处。1956年5月,撤销大根区,并入鼓楼区,所辖东街、南街、安泰、道山、水部、河西、东门7个街道办事处归鼓楼区管辖。
1957年12月,撤销新民街道办事处,并入华大街道办事处;撤销道山街道办事处,分并于安泰、南街街道办事处;撤销河西街道办事处,分并于东街、东门街道办事处。1970年2月,郊区洪山公社并入红卫公社,连同新店公社划归红卫区。
1975年5月,新店公社复归郊区。7月,红卫公社划归蔬菜区。1981年10月,增设五四街道办事处。1986年11月,增设王庄新村街道办事处。